Sampai daerah divisi disetujui dalam Perundingan Gijanti, kerajaan Mataram yang didirikan Pangeran Senopati pada tahun 1587, merupakan kekuatan yang dominan di Jawa Tengah. Kerajaan Mataram berpindah lokasi beberapa kali selama pemerintahan Senopati dan keturunannya, dan pada tahun 1745 berada di Surakarta (Solo)

Sebagai kelanjutan dari pertikaian yang terjadi di antara pemerintah Surakarta, Pakubuwono III dan paman tirinya, Pangeran Mangkubumi, pemerintah Belanda menengahi dengan menyetujui perjanjian yang isinya mengangkat Mangkubumi sebagai pemimpin kerajaan terpisah, tetapi memiliki kekuasaan yang sama, yang berpusat di Yogyakarta. Mangkubumi, yang memakai gelar Hamengkubuwono I, pada tahun 1756, membangun istana yang besar bernama Ngayogyakarta Hadiningrat.

Kraton berada di lokasi yang sangat luas, yang karena luasnya dapat digambarkan sebagai kota tertutup. Selain ada bnagunan di dalamnya, daerah ini dikelilingi oleh dinding yang kokoh seperti benteng dan dibangun pada tahun 1785, untuk daerah yang tertutup tersebut dibangun tempat para pegawai kerajaan, abdi dalem, para keluarga bangsawan lainnya yang kurang terkenal di lingkungan kraton. Tempat ini sekarang terdiri atas desa-desa di dalam kraton tempat berpangkalnya seniman dalam gang-gang sempit yang berprofesi sebagai pembuat batik dan pelukis.

Kraton terdiri atas beberapa bangunan, dinding, da taman, yang tersusun dari utara ke selatan dan mempunyai alun-alun di kedua akhir bangunan. Pendopo utama dan ruang singasana, bangsal kencono, yang terletak di tengah kraton, mempunyai atap joglo, yang disangga oleh tiang berukir. Di belakang Pendopo terdapat Bangsal Proboyekso tempat disimpannya benda pusaka kraton. Di seberang Bnagsal Proboyekso terdapat tempat keluarga kerajaan, yang didiami oleh Sultan yang sekarang. Tempat ini tertutup untuk umum. Kesantrian, tempat tinggal pangeran pangeran yang belum menikah, terletak di bangunan yang laus di belakang kandang kuda.

Di belas tempat kereta kraton, yang terletak di pinggir taman utama, terdapat koleksi kereta-kereta kerajaan dan kendaraan lain yang ditarik kuda, termasuk kereta jenasah kerajaan yang terbuat dari kaca. Koleksi peralatan kerajaan yang lengkap dan benda-benda kraton, yang terdapat di Musium Sono Budoyo di sudut barat laut dari alun-alun utara, dibangun pada tahun 1935 oleh Hamengkubuwono VIII. Di bagian barat alun-alun terdapat Mesjid Ageng, yang dibangun pada tahun 1773.

Di taman utama kraton terdapat pasir hitam dari pantai selatan Jawa, yang dotaruh untuk menghormati Nyai Loro Kidul, Raty Laut Selatan, yang izinnya dianggap prasyarat untuk membangun kraton. Hubungan dengan Nyai Loro Kidul ini terlihat lebih jelas di bangunan Taman Sari, yang dibangun oleh Hamengkubuwono I sebagai taman yang nyaman untuk tempat beristirahat.

Taman Sari adalah taman yang sangat luar biasa menariknya, terdiri dari beberapa kolam renang yang merupakan jalan menuju terowongan bawah tanah yang diatasnya tersdedia tempat untuk berjalan kaki. Sebagian lokasi ini telah diperbaiki, tetapi tanpa diisi. Dahulunya taman ini mempunyai kebun-kebun dengan bunga-bunga wangi, beberapa air mancur, dan bunga yang terdapat di jambangan besar yang terbuat dari batu. Taman Sari, selain dibuat untuk tempat beristirahat, dan tempat Sultan bercengkrama dengan istri atau selirnya, juga dibuat sebagai tempat di mana setiap tahun digunakan untuk memperbaharui mandatnya dalam menjalankan pemerintahannya, yaitu dengan cara melakukan hubungan perkawinan secara mistik dengan Nyai Loro Kidul. Ruang tempat pertemuan ini dilakukan masih dapat dilihat, tetapi karena percaya adanya kekuatan spiritual, tempat ini dilarang difoto.

Kraton Yogyakarta sangat luas dan banyak hal yang menarik, tetapi jika semua diuraikan secara menyeluruh dibutuhkan buku yang sangat tebal. Sangat beruntung kraton mempunyai sistem organisasi yang baik sehingga pemandunya dapat memberikan penjelasan dalam beberapa bahasa yang sangat informatif mengenai perkembangan sejarah kraton secara lengkap baik mengenai masalah arsitektur maupun mengenai isinya.

Kraton Yogyakarta adalah bangunan yang bukan saja terbesar dari empat istana yang berada di Jawa Tengah, tetapi juga yang terkaya dalam hal materi maupun kebudayaan. Karena peranan yang penting dari Hamengkubuwono IX dalam perjuangan mencapai kemerdekaan Indonesia, sejak tahun 1945 Kraton Yogyakarta mendapat status kehormatan. Oleh karena itu, kota tempat sendirinya kraton ini disebut Daerah Istimewa Yogyakarta. Kehidupan di dalam kraton masih berlanjut terus sejak beberapa rarus tahun silam. Ditempat ini hampir ribuan pegawai istana masih melayani segala sesuatu yang diperlukan oleh rumah tangga kerajaan.